# MMLSUM Exp_Change = 0.8 log odds matrix (in 1/4-bit units)
# Default Gap-open  = 17
# Default Gap-extn  = 1
# Notes: Matrix derived from MMLSUM (t = 203) Markov Matrix
# File generated on: 2020/10/02 12:50:15
     A   R   N   D   C   Q   E   G   H   I   L   K   M   F   P   S   T   W   Y   V   
A    4  -1  -1  -2   0   0   0   0  -2  -1  -1  -1  -1  -2   0   1   0  -3  -2   0
R   -1   7   0   0  -3   2   1  -3   1  -3  -3   4  -2  -4  -2   0  -1  -2  -1  -3
N   -1   0   7   3  -3   1   1   0   1  -4  -5   1  -3  -4  -1   1   0  -4  -1  -4
D   -2   0   3   8  -5   1   3   0   0  -6  -6   1  -4  -6  -1   1   0  -6  -4  -6
C    0  -3  -3  -5  17  -4  -5  -4  -3  -1   0  -5   0   0  -5   0  -1  -2  -1   0
Q    0   2   1   1  -4   6   3  -2   1  -3  -3   2  -1  -4  -1   0   0  -4  -2  -3
E    0   1   1   3  -5   3   6  -2   0  -4  -4   2  -3  -5  -1   0   0  -5  -3  -4
G    0  -3   0   0  -4  -2  -2   9  -2  -6  -6  -2  -4  -5  -1   0  -2  -6  -4  -5
H   -2   1   1   0  -3   1   0  -2  11  -4  -3   0  -2  -1  -2  -1  -1  -1   2  -3
I   -1  -3  -4  -6  -1  -3  -4  -6  -4   6   3  -4   3   1  -4  -3  -1  -2  -1   4
L   -1  -3  -5  -6   0  -3  -4  -6  -3   3   6  -3   3   2  -4  -3  -2  -1  -1   2
K   -1   4   1   1  -5   2   2  -2   0  -4  -3   6  -2  -5  -1   0   0  -5  -3  -3
M   -1  -2  -3  -4   0  -1  -3  -4  -2   3   3  -2   8   2  -4  -2  -1   0   0   1
F   -2  -4  -4  -6   0  -4  -5  -5  -1   1   2  -5   2   9  -4  -3  -2   3   5   1
P    0  -2  -1  -1  -5  -1  -1  -1  -2  -4  -4  -1  -4  -4  11   0  -1  -5  -3  -3
S    1   0   1   1   0   0   0   0  -1  -3  -3   0  -2  -3   0   4   2  -4  -2  -2
T    0  -1   0   0  -1   0   0  -2  -1  -1  -2   0  -1  -2  -1   2   5  -3  -2   0
W   -3  -2  -4  -6  -2  -4  -5  -6  -1  -2  -1  -5   0   3  -5  -4  -3  17   4  -3
Y   -2  -1  -1  -4  -1  -2  -3  -4   2  -1  -1  -3   0   5  -3  -2  -2   4  10  -1
V    0  -3  -4  -6   0  -3  -4  -5  -3   4   2  -3   1   1  -3  -2   0  -3  -1   5